TEMA:

Haber si me aclaro, haría esto:
int vacio = A2; // variable para el ajuste del deposito vacio
int lleno = A2; // variable para el ajuste del deposito lleno
int valor1 = 45; // EEPROM.get(0, vacio); // valor arbitrario por encima de lo normal
int valor2 = 160; // EEPROM.get(5, lleno); // valor arbitrario por debajo de lo normal

void setup() {
vacio = analogRead(A2);
if (Serial.available() > 0)
{
dato = Serial.read();
}
if (dato == 'a') {
EEPROM.put(0, vacio);
}

lleno = analogRead(A2);
if (Serial.available() > 0)
{
dato = Serial.read();
}
if (dato == 'b') {
EEPROM.put(5, lleno);
}

}

Y como hago para cambiar el valor de las variables valor1 y valor2 por el leido y guardado en la eeprom

Yo hice asi :

Lee la eeprom, si no lee lee 255 es que hay un valor guardado, por lo que asigna a Valor1 ese valor, si lee 255 es que no hay guardado ningun valor, por lo que sigue con los asignados en compilacion.

Se me olvido decir que desde el setup llamas a la funcion leerEeprom();

Bueno Jose Luis lo de memorizar los valores en eeprom lo hice como me indicaste y funciona.
Pero vamos a dar un paso a tras, porque cuando lo probé con los sensores en vez del potenciometro no funciona bien, me explico:

Yo las pruebas las hice con un solo potenciometro donde uní las dos entradas A2 y A3 y funcionaba todo bien, bueno cuando he
puesto por separado ambas entradas no funciona, tengo que bajar las dos entradas por debajo del 5% o no pita, si bajo al 5% una de ellas en concreto la
A3 pita, pero no se para nunca, y si bajo del 5% la A2 pita a una frecuencia que no es la del codigo.

Bueno lo he medio resulto utilizando otra vez millis, separando ambas entradas, pero solo me funciona la entrada A2, la A3 no pita,
Te dejo el codigo para que le eches un vistazo, la verdad que algo que me parecía tan fácil, se me esta complicando.

Grscias

Seguro que el codigo tienes errores, pero aparte de eso, para que quieres dos potencimetros? Y no me digas que pones un tanque a cada una de las boquillas del sensor de presion. Bueno si lo haces dimelo, jajjaa, pero no acabo de ver para que quieres dos potes y si no entiendo lo que quieres hacer, me es dificil seguir el codigo.

Jeje, te lo explico
Voy a poner dos sensores de presión diferencia a las entradas A2 y A3 (que para hacer las pruebas en la mesa, puse dos potenciometros) los cuales van a controlar dos depósitos independientes de una autocarabana, cada sensor llevara un tubo dentro del deposito y otro fuera para medir la diferencia de presión y la transformamos en porcentaje para saber el nivel del deposito.
Y como ya vimos, que pite cuando baje del porcentaje programado (5%) durante un tiempo programado, pero si iniciamos el sistema no pita, etc etc como ya vimos.

Bueno como cuatro ojos ven mas que dos haber si encuentras el error, por que yo lo he mirado 100 veces.
Un Saludo

A bien, pense que los dos bidones tenias en mismo liquido y los tenias unidos. Vamos que vas a usar dos sensores.
Ahora lo entiendo.