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Por lo que veo en el video, el problema solo esta cuando tienes el 100% de velocidad. Si pones 99 va bien y al poner el 100% es cuando falla. ¿ Opinas igual ?
¿ O hay algun detalle mas que no aprecio ?

Sí, vale, pero ¿en tu opinión también debería hacer menos ruido?

Volvemos a lo que te he comentado ya varias veces. Hay que saber las rpm maximas que da tu motor,. Simplemente, quiza, estas pidiendole mas velocidad de la que puede dar.
De todas formas hay una cosa que me desconcierta y es que a 99 del valor, parece que el motor gira muy bien y el ruido es bueno y en cambio cuando estabas sobre el 80, hacia un ruido diferente. Quiza el problema es que tienes mal ajustada el setting de corriente del la controladora del motor o que le estas dando menos tension que la idonea. Yo probaria a ir variando el ajuste de la tarjeta y ver si mejora o no variando el setting.

Esta claro que al 100% de velocidad hay un problema con el programa del arduino, por que cambia la velocidad y solo con un 1% no me cuadra.
Hay una linea comentada en el programa, que te mostraria en el monitor serial del ide del arduino, la temporizacion en microsegundos que esta aplicando entre paso y paso. Es esta :

//dbSerialPrintln(delayPasos);

Sacale las dos // y vuelve a compilar el programa y subirlo al arduino. Cuando lo hagas te ira mostrando en el monitor un numero que es la temporizacion. Tiene que varias entre 9000 y 500. Mira que no haga cosas raras. Si ves que no hace nada raro, en el map, en vez de 500 pon 600 y vuelve a probar, a ver si notas mejoria.

Cambié algunos parámetros y ahora funciona así, mira con atención pero no entiendo los puntos donde se detiene.

Yo creo que eso es debido a que no hacen bien contacto algunos de los cables del conexionado y esta entrando ruido.