TEMA:

Eso es
Te dejo aqui el codigo que hicimos al principio con millis

Vale, el problema es que antes tomabas como referencia las dos señales y ahora al tener diferentes niveles los tanques, los flag te hacen cosas que no quieres y se vuelve loco el arduino.
Vas tener que plafinicar un poco las cosas, y yo empezaria a sacar cosas que no tienes claro como funcionan, por ejemplo
Tu tienes claro como funciona este comando? que es un or de las dos variables? deberian ser un Or? o deberia tener una peso sobre la otra?

Tienes que depurar un poco el codigo y pensar un poco mas las cosas.

Ese comando ya lo probé como tu me dijiste y hace los mismo, y es cierto el arduino se vuelve un poco loco.

Yo es que no acabo de verlo, pero no dudo que funcione perfectamente.
Habra que buscar otra cosa entonces.

Pues, voy a intentar replantearlo de otra manera, haber si soy capaz, lo que no entiendo es, que si quito del código la entrada A3 y todo lo que conlleva funciona perfectamente, en cuanto duplicamos el código ya el arduino se queda colgado.
Y tampoco lo veo tan complicado para que arduino se quede colgado.

Buenos voy a pensar algo antes de ir a cama

No se queda colgado, parece que hace cosas raras por culpa de los flags que generan las dos entradas, una te esta interferiendo sobre la otra,
Por eso parece que hace cosas raras, pero no, el problema esta en cuando activas y cuando desactivas los flags ( y cuando lo haces).
Por eso eso hacia himcapie en los comandos que no estuvieras seguro como funcionaban.